Fortemente minacciato di estinzione a causa della perdita dell’habitat, della caccia illegale per scopi alimentari e per l'avorio dei suoi denti. Soltanto qualche migliaio di individui vive ancora nel suo habitat originario. La riproduzione in cattività, unitamente alla salvaguardia del suo habitat, è forse l’unica speranza per la salvezza della specie. Sono circa 350 gli ippopotami pigmei che vivono in cattività, in circa 140 Zoo del mondo, a cui è dedicato un progetto internazionale di conservazione.